مهم‌ترین اهداف برنامه ملی:
1- طراحی، جانمایی، ایجاد، توسعه و ارتقاء عملکرد شهرک‌های مولّد و دانش‌بنیان گلخانه‌ای و کشت محصولات کشاورزی در محیط‌های کنترل‌شده به میزان 2400 هکتار در مدت توافق‌نامه با محوریت تولیدات سبزی و صیفی، تولیدات گل و گیاهان زینتی و میوه‌های گرمسیری و با در نظر گرفتن الگوهای مختلف گلخانه برای اقلیم‌های چهارگانه (معتدل و مرطوب، سرد و کوهستانی، گرم و خشک، گرم و مرطوب) با رویکرد هوشمندسازی، ارزان‌سازی و افزایش بهره‌وری عملکرد، آب و کاهش مصرف انرژی با موضوعات زیر:
1-1- حمایت از ایجاد و توسعه واحدهای گلخانه‌ای توسط سرمایه‌گذاران و مالکین عمده به میزان حداقل 1000 هکتار
2-1- ایجاد و توسعه چهار شهرک گلخانه‌ای به میزان حداقل 400 هکتار در قالب کنسرسیوم‌هایی شامل نهاد تأمین مالی، شرکت بهره‌بردار و شرکت‌های فناور با اولویت جذب و به‌کارگیری سرمایه‌های خرد
3-1- فعال‌سازی و ارتقاء بهره‌وری و عملکرد واحدهای مستقر در گلخانه‌ای موجود با به‌کارگیری فناوری‌های با قابلیت تجاری‌سازی بالا در سطح حداقل 200 هکتار در شهرک‌های کشاورزی و 800 هکتار در اراضی سرمایه‌گذاران و مالکین
2- طراحی، جانمایی، ایجاد، توسعه و ارتقاء عملکرد مزارع پرورش میگو و سایر آبزیان 16000 هکتار در طول مدت توافق‌نامه با موضوعات زیر:
1-2- حمایت از ایجاد و توسعه مزارع پرورش میگو و سایر آبزیان توسط سرمایه‌گذاران و مالکین عمده به میزان حداقل 5000 هکتار
2-2- ایجاد و توسعه شهر مولّد و دانش‌بنیان میگو و سایر آبزیان با اولویت واحدهای مولدسازی، وزن‌دهی و مزارع تولید لارو مولد در سطح حداقل 1000 هکتار در قالب کنسرسیوم‌هایی شامل نهاد تأمین مالی، شرکت بهره‌بردار و شرکت‌های فناور با اولویت جذب و به‌کارگیری سرمایه‌های خرد
3-2- فعال‌سازی و ارتقاء بهره‌وری و عملکرد مزارع موجود پرورش میگو و سایر آبزیان با به‌کارگیری فناوری‌های با قابلیت تجاری‌سازی بالا به میزان حداقل 2000 هکتار در شهرک‌های کشاورزی و 8000 هکتار در خارج از شهرک‌ها (مطابق جدول شماره 5 در پیوست).
3- طراحی، ایجاد و توسعه مزارع پرورش ماهی و سایر آبزیان در دریا به میزان سالانه 5000 تن با رویکرد پهنه‌های حفاظت‌شده و ایمن
مأموریت‌های برنامه ملی:
1- هدایت و جذب سرمایه‌گذاران و کارآفرینان با تأکید بر تأمین منابع جمعی و سرمایه‌های خرد با حمایت و تسهیلگری دولتی
2- ارزان‌سازی و تسهیل در بهره‌برداری از فناوری‌های مرتبط با زنجیره ارزش در تولیدات گلخانه‌ای و آبزی در قالب طرح‌های الگویی
3- تکمیل زنجیره ارزش محصولات گلخانه‌ای نظیر تولید انواع نهاده‌ها با راندمان بالا، طراحی و ساخت سازه‌های فناورانه و با قابلیت اطمینان بالا، انواع سامانه‌ها و تجهیزات موردنیاز تولید، روش‌های کنترل آفات و بیماری‌ها و غیره
4- تکمیل زنجیره ارزش پرورش ماهی در دریا و مزارع پرورش میگو نظیر تأمین لارو میگو، خوراک با راندمان بالا، بچه ماهی و ماهیان مولد، قفس‌های فناورانه با قابلیت اطمینان بالا، سامانه‌های هوشمند پایش وضعیت، تجهیزات تورشویی و غیره
5- ایجاد و توسعه بازارهای هوشمند داخلی و خارجی محصولات گلخانه‌ای و آبزی
6- کمک به حضور مؤثر در بازارهای داخلی و خارجی با افزایش کیفیت و کمیت محصولات تولیدی
7- تدوین نظام بهره‌برداری مبتنی بر اقتصاد دانش‌بنیان مناسب برای ارتقاء عملکرد شهرک‌های کشاورزی
8- کمک به ایجاد مدیریت یکپارچه و هدفمند برای افزایش بهره‌وری از منابع
9- جریان‌سازی برای ورود و رسوخ علم، فناوری و نوآوری در زنجیره ارزش تولید محصولات گلخانه‌ای و آبزی
